食肉偽装の告発をもとに、農林水産省と北海道が２００２年から０７年までに計８回、ミート社に立ち入り調査をしながら、不正を見抜けなかったことが２５日、明らかになった。
道は０２年３月、同社員を名乗る男性から最初の告発を受け、立ち入り調査に入ったが、裏付ける証拠を得られなかった。
告発は０６年にもあり、苫小牧保健所が２、１１月に調査。１１月には「牛タンスモーク」から基準値を超す発色剤（亜硝酸ナトリウム）を検出した。食品衛生法違反で同社に出荷停止を指示したが、さらに「ウサギやカモの肉も使っている」などの情報が提供され、１２月にも２回、追加調査した。しかし、この時も原料偽装を突き止められなかった。
農水省の北海道農政事務所にも０６年２月、偽装情報が寄せられたが、同事務所は「拠点が道内だけの業者なので日本農林規格（ＪＡＳ）法の調査権限は道にある」として、３月２３日付で道に対し、「具体的疑義が確定できませんでしたので参考までに回付します」との文書を作成したという。
同事務所は昨年９月、ミート社に東京事務所があることを知ったが、直ちに調査に入らなかった。北海道農政事務所は、０６年３月と今年３、５月に立ち入り調査をしたが、これは牛肉の個体識別の信頼性を確保するための調査だった。道の近藤光雄副知事は「情報を一元管理していればもっと早く不正が見つかっていたかもしれない」と話し、北海道農政事務所の小野哲士消費・安全部長も「連携が十分でなかった点は反省している」としている。