これを受けて政府は３０日に同改正案と学校教育法改正案を閣議決定し、すでに閣議決定した教員免許法改正案と合わせて同日中に３法案を国会に提出する。
地教行法改正案では、教委が私立学校の運営に関与できるように「知事が必要と認めるときは教委に助言・援助を求めることができる」との文言が盛り込まれた。これに対し、公明党が「私立学校の自主性が損なわれかねない」と懸念を示したため、「知事は私立学校と協議し、教委は私立学校の自主性を尊重する」ことを（１）国会での文科相答弁（２）法案の付帯決議（３）改正法の施行通達——の３段階で確認するとの条件をつけた。
また、同改正案では、いじめなど児童・生徒の生命、身体の保護のため緊急の場合に限って「文科相が教委に指示ができる」との文言も盛り込まれた。これに対し、公明党が地方分権を重視し、「文科相が指示を出す時には、任命権者の首長も同様に指示を出せるようにすべきだ」と主張した。だが、自民党が難色を示し、首長について「支援等を行うことが必要」との文言を、私立学校の自主性と同様に国会答弁などで確認することで折り合った。
同改正案はこのほか、教育委員に保護者を入れることや、教委が自らの事務の執行状況を毎年評価して公表することを義務づける。
学校教育法改正案は、昨年改正された教育基本法を踏まえ、義務教育の目標に「我が国と郷土を愛する態度」などを盛り込んだ。教員免許法改正案は、現在は一生有効な免許の有効期間を１０年とし、講習を受けないと失効する教員免許更新制を０９年度から導入する。