発生初期の対応では、抗インフルエンザ薬「タミフル」の家族や周辺住民への予防投与を柱に据えた。タミフルについては、服用と異常行動の関連性が問題となり、厚労省が１０代への使用を制限するなどしているが、同会議は「新型は致死率が高いことも予想される」と方針を変更しないと確認。一方で、早急に因果関係を解明するよう厚労省に求めた。
また、ウイルスの「地域封じ込め」は、日本では地理的条件や人口密度などから実施は困難との考えから、選択肢の一つにとどめた。
指針は、厚労省が原案を公表して国民に意見を募集。一般市民や医師会、経団連などから寄せられた約３０００件の意見を反映してまとめた。
ワクチンは、医師や看護師、医薬品製造販売業者など「医療従事者」と、社会生活に必要な「社会機能維持者」に優先的に投与する。
具体的には（１）治安維持（消防士や警察官、海上保安官など）（２）ライフライン関係（電気、水道、ガス、石油、食料販売業など）（３）国や自治体の危機管理に携わる（国会議員、地方議員、自治体首長、国家・地方公務員など）（４）生活維持のための情報提供に携わる（報道機関、通信事業など）（５）輸送（鉄道、旅客・運送、航空運輸、水運業など）。各職種の人数などは今後、都道府県が調査した結果などをもとに詰めていく。
発熱相談センターは、不安に駆られた住民が医療機関に殺到し、感染が広がるのを防ぐため、都道府県が保健所などに設置する。感染が疑わしい場合、病院や公共施設に設置され、軽症と重症とを見極める「発熱外来」で受診させる。
また、各家庭には２週間分の備蓄を要請。食糧や医薬品、日用品など約４０品目を例示した。
厚労省は３月中に指針を都道府県などに通知するほか、一般向けにもホームページで紹介する。