健康ブームのさなか、番組で紹介するだけでヒット食品になるなど影響力が大きい「あるある」で不祥事が発覚した。大阪市内で会見した千草社長は「事実とは異なる内容を含む番組を制作し、放送したことは、放送局の信頼を著しく損なうものであり、視聴者の皆さまの信頼を裏切ることとなり、誠に申し訳ない」と謝罪。詳細を聞かれると「調査中」などあいまいに答えていたが、報道陣から問い詰められ、ようやく「データはねつ造だったと思う」と、番組制作者が意図的に手を加えたことを認めた。
事態は一部の取材をきっかけに内部調査で発覚した。番組では、納豆に含まれるイソフラボンが体内の特定のホルモンを増やし、ダイエット効果を生むことを紹介。だが、２週間実験を行った８人について、血液検査や数値を測定していないにもかかわらず、架空の数字を用いて、あたかも効果が出たかのような内容に仕立てていた。また、取材したテンプル大アーサー・ショーツ教授のコメントも都合良く日本語訳した上、研究内容も別の大学の教授が発表したものだった。
同局は「納豆にダイエット効果があるという学説があるのは事実で、実験で体重が減ったのは間違いない」と、最大３・４キロの減量に成功したことは事実だとした。しかし、そのほかは架空の数字のため、減量結果にも疑問を残した。今後は、局内に調査委員会を立ち上げ、早急に原因の究明を行い、対策を講じる。
同番組は、制作チームを９班に分け、事故防止のために約３カ月間かけて自己検証を繰り返してから番組を放送するなど、時間をかけた制作を売りにしていた。番組は同局と番組制作会社「日本テレワーク」社の共同制作で、テレワーク社が複数の制作会社に発注し、取材や編集をしていた。
小川誠制作局長は「昨秋から制作に入っていたが、米での取材が難航し、期待していた教授に取材できなかったことから、制作サイドが追い詰められ、こういうことを引き起こしたのではないか」と話した。キー局のフジテレビは予定していた２１日の同番組の放送を休止。急きょ、同１０時開始の生番組を繰り上げて対応する。フジ内部には「番組継続は困難」との見方も出ており、打ち切りは濃厚だ。
同番組の７日の関東での平均視聴率は１４・５％（ビデオリサーチ調べ）だった。放送を受け、翌日から全国で納豆の売り上げが急増し、品薄になる店が続出した。中には、品薄や品切れに関するおわび広告を出すメーカーも複数あった。