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日本で飼育されているイワトビペンギン＝０３年１２月、北海道・旭山動物園で
英国王立鳥類保護協会によると、００年の調査時にはイワトビペンギンのつがいが２９万８４９６組いたが、０５〜０６年の調査では２１万４１８組と急減していた。１９３２年には、つがいが約１５０万組いたと推定され、７０年余の間に８５％も減った計算になるという。
イワトビペンギンは南半球に広く分布しており、周辺の海域にすむイカやオキアミなどを好んで食べている。フォークランド諸島は重要な繁殖地の一つとして知られる。
他の地域ではまだ減少を確認できていないが、同協会の研究者は「フォークランド諸島のイワトビペンギンの減少は、南洋の生態系の大きな変化を示唆している。気候変動の影響かもしれない」と危機感を募らせている。
ただ、フォークランド諸島にすむジェンツーペンギンなど別のペンギンは大きな変動がないことから、餌などの変化との関係までは、まだ分かっていない。
イワトビペンギンは海洋汚染や漁業による餌の減少、気候変動などの影響で減少傾向にあるとされ、国際自然保護連盟（ＩＵＣＮ）のレッドリストでは、絶滅のおそれが増大している絶滅危惧（きぐ）２類の一つに挙げられている。